Naguib Mahfouz a inceput sa scrie  la varsta de 17 ani. Primul sau roman Khufu’s Wisdom, a fost publicat in 1939 si urmat de alte 10 scrise inainte de Revolutia din iulie 1952 cand s-a oprit pentru cativa ani.  Abath Al-Aqdar (Mockery of the Fates) (1939), Radubis (1943) si Kifah Tibah (The Struggle of Tyba) (1944), fac parte dintr-un amplu proiect (neterminat) de 30 de carti care urmau sa acopere intreaga istorie a Egiptului. Inspirat de modelul scriitorului englez Sir Walter Scott (1771–1832) Mahfouz dorea sa creeze o serie intreaga de romane istorice, insa la al 3 lea volum, interesul i s-a reorientat brusc catre prezent si impactul psihologic al schimbarilor sociale asupra omului de rand.
Opera principala a lui Mahfouz este Trilogia din Cairo aparuta in 1950, o lucrare monumentala de 1500 pagini, care i-a adus celebritatea in lumea araba pentru modul in care a reusit sa contureze viata urbana traditionala. Romanele sunt denumite dupa numele strazilor Bayn al Qasrayn (Palace Walk), Qasr al Shawq(Palace of  Desire), Sukkariya (Sugar Street). Autorul plaseaza actiunea trilogiei in zonele orasului Cairo unde el insusi a locuit, descriind viata lui el-Sayyed Ahmed Abdel Gawad si a familiei acestuia pe parcursul a trei generatii, intre Primul Razboi Mondial si abdicarea regelui Farouk in 1950. Prin bogatia si varietatea personajelor si intelegerea lor psihologica lucrarea il aseamana pe Mahfouz cu Balzac, Dickens, Tolstoy, si Galsworthy.
Incepand cu The Children of Gebelawi (1959), Mahfouz incepe din nou sa scrie folosind alegoria si simbolismul in judecatile sale politice. In aceasta perioada ii apar romanele The Thief and the Dogs (1961), Autumn Quail (1962), Small Talk on the Nile (1966), Miramar (1967) si numeroase colectii de povestiri.
The Children of Gebelawi (sau "Children of our Alley") una din cele mai cunoscute opere ale lui Mahfouz's a fost interzisa in Egipt pe motivul blasfemiei in portretizarea alegorica a lui Dumnezeu. Cartea a fost interzisa in toate tarile arabe, cu exceptia Libanului.
Chitchat on the Nile (1966), un alt roman cunoscut, a fost baza unui film renumit din perioada presedintelui Sadat. Cartea, ca si filmul, critica decadenta societatii egiptene in timpul epocii lui Nasser motiv pt care regimul Sadat va interzice pelicula, copii ale acesteia fiind greu de gasit pana in 1990.

Lucrarile lui Mahfouz acopera o sfera larga de subiecte incluzand socialismul, homosexualitatea, si Dumnezeu-subiecte tabu in Egipt. Multe dintre romanele sale au fost publicate initial sub forma unor seriale inclusiv Children of Gebelawi si Midaq Alley care a fost adaptat intr-un film mexican (El callejón de los milagros), avand-o drept protagonista pe renumita  Salma Hayek. Istoriile lui Mahfouz sunt plasate adesea in zone urbane dens populate unde majoritatea personajelor, oameni simpli, incearca sa se obisnuiasca cu modernizarea societatii si tentatiile valorilor occidentale.
Intre anii 1940-1980 Mahfouz va lucra in paralel la 25 scenarii de film. In 1971 el este invitat sa colaboreze cu ziarul Al Ahram in calitate de scriitor emerit si va continua sa publice un editorial saptamanal, pana in apropierea mortii sale.

Mahfouz a primit de doua ori Premiul de Stat Egiptean iar in anul 1988 i s-a acordat premiul Nobel pentru literatura.

„Mahfouz a fost o lumina a culturii oferind literatura araba lumii intregi . El a exprimat prin creativitatea sa, valori impartasite de toti, valori ale iluminarii si tolerantei ce resping extremismul”- Presedintele Hosni Mubarak
„Mahfouz poseda rarul privilegiu de a intra in psihologia nationala intr-o maniera in care mii de articole jurnalistice ori documentare de televiziune nu au reusit sa o faca”-John Fowles
„El nu este doar un Hugo sau un Dickens ci si un Galsworthy, un Mann, un Zola si un Jules Romain la un loc” - London Review of Books
„Ulicioarele, casele, palatele, moscheile si oamenii care traiesc printre ele sunt la fel de puternic evocate in lucrarile lui Mahfouz pe cat de bine a reusit Dickens sa descrie viata de pe strazile Londrei.” - Newsweek

Lucrari traduse in romana:
Trilogia din Cairo: Bayn al-Qasrayn (Edit. Minerva 1984) Qasr es-Sawq(Edit. Minerva1987) Es-Sukkariyya (Edit. Minerva 1989), Paradisul copiilor (Edit. Secolul 20, 1995), Prepeliţele şi toamna (Editura Univers 1974), nuvela Casa rău famată, în: Cele mai ieftine nopţi. Nuvele arabe (Editura Univers 1971), Pălăvrăgeală pe Nil(Edit. Sempre 2000), Povestirea Pustiu în: Antologia nuvelei arabe (Edit.Minerva 1980), O mie si una de nopti si zile, (Edit. Humanitas 2008), Akhenaton, cel ce sălăşluieşte în adevăr, (Edit. Humanitas 2006), Povestirea Răspunsul este nu! în: Luceafărul 32(1989), nr. 13, povestirea Ecoul in „Calende", 1(1991).

Lucrari traduse in engleza de AUC Press in baza unui contract de exclusivitate cu autorul:
Old Egypt (1932) , Whisper of Madness (1938), Mockery of the Fates (1939),  Rhadopis of Nubia (1943) , The Struggle of Thebes (1944),  Modern Cairo (1945), Khan El-Khalili (1945), Midaq Alley (1947) , The Mirage (1948) , The Beginning and The End (1950), Cairo Trilogy (1956–57) , Palace Walk (1956) , Palace of Desire (1957) , Sugar Street (1957) , Children of Gebelawi (1959) , The Thief and the Dogs (1961) , Quail and Autumn (1962) , God's World (1962), Zaabalawi (1963), The Search (1964) , The Beggar (1965) , Adrift on the Nile (1966) , Miramar (1967) , The Pub of the Black Cat (1969) , A story without a beginning or an ending (1971), The Honeymoon (1971) , Mirrors (1972) , Love under the rain (1973) , The Crime (1973), al-Karnak (1974) , Respected Sir (1975), The Harafish (1977) , Love above the Pyramid Plateau (1979) , The Devil Preaches (1979) , Love and the Veil (1980), Arabian Nights and Days (1981) , Wedding Song (1981) , One hour remains (1982), The Journey of Ibn Fattouma (1983) , Akhenaten, Dweller in Truth (1985), The Day the Leader was Killed (1985) , Speaking the morning and evening (1987), Fountain and Tomb (1988), Echoes of an Autobiography (1994), Dreams of the Rehabilitation Period (2004) , The Seventh Heaven (2005)